Трио

Повышение эффективности интерпретации данных

Сравнение с геномами родителей помогает отличить патогенные варианты от безвредных и избежать ложных диагнозов

Выявление редких патогенных вариантов

Анализ семейного трио-тестирования может раскрыть новые или редкие изменения в генах

Планирование будущих беременностей

Выявление носительства у родителей помогает заранее оценить риски для будущих детей

Снижение затрат на диагностику

Экономит ресурсы в долгосрочной перспективе, уменьшая количество ненужных дополнительных обследований

Почему одного пациента недостаточно?

Как показывают исследования, трио-тестирование может помочь врачам поставить диагноз гораздо чаще, чем тестирование только пациента.

Для диагностики редких заболеваний все чаще используется секвенирование генома. Когда геномы пациента и его родителей анализируются вместе, вероятность постановки правильного диагноза значительно возрастает, особенно для детей с редкими заболеваниями.

При анализе генома человека выявляется несколько генетических вариантов, которые обычно не встречаются в общей популяции. Большинство из них безвредны и являются редкими доброкачественными семейными вариантами.

Однако бывает сложно выделить варианты, которые привели к развитию заболевания, среди множества других. И здесь на помощь приходит трио-тестирование.

Что такое трио-тестирование?

←

→

Трио-тестирование — это когда геном пациента сравнивается с последовательностями, полученными от обоих его биологических родителей.

Это важно, поскольку если ни у одного из родителей нет заболевания их ребенка, можно предположить, что варианты, найденные в геномах родителей, не являются причиной состояния их ребенка.

Для пациентов и их семей, находящихся в чрезвычайно сложной диагностической одиссее, трио-тестирование может быть стать необходимым облегчением.

Эти данные полезны для биоинформатиков, так как они:

Позволяют сократить количество вариантов возможных причин заболевания
Увеличивают шансы правильного выявления патогенного варианта

Эффективность трио-тестирования

Исследования показывают:

Дети, прошедшие семейное трио-тестирование, имели почти в пять раз больше шансов получить диагноз, чем те, кто проходил тестирование без родителей.
У детей, участвовавших в трио, в среднем выявлялся один вариант-кандидат.
У детей, тестируемых отдельно (т.е без данных родителей), в среднем выявлялось более двух вариантов.

Наличие только одного сообщенного варианта значительно повышает вероятность выявления причины заболевания.

Пилотный проект «100 000 геномов» показал похожие результаты: пациенты, набранные в составе трио, имели наибольшую вероятность получить диагноз.

Повышение эффективности интерпретации данных

Генетические вариации могут иметь разное значение в зависимости от контекста. Анализ семейного трио-тестирования позволяет:

Точнее определить какие варианты могут быть патогенными, а какие — безвредными.
Избежать ложноположительных результатов и улучшить точность диагностики.

Выявление патогенных вариантов в малоизученных генах

Геномное трио-тестирование может помочь выявить новые или редкие патогенные варианты, которые могут быть связаны с заболеванием.

Это особенно важно для детей с неясной клинической картиной, где традиционные методы диагностики могут не дать результатов.

Поиск рецессивных заболеваний

Многие генетические заболевания наследуются по рецессивному типу, что означает, что оба родителя должны быть носителями патогенных вариантов, чтобы ребенок унаследовал заболевание.

Анализ генома всей семьи позволяет:

Точно определить происхождение вариантов от одного или обоих родителей
Установить является ли ребенок носителем или страдает от заболевания без последующих дополнительных этапов диагностики.

Планирование будущих беременностей

Информация о носительстве патогенных вариантов в генах аутосомно-рецессивных заболеваний у родителей может быть полезно для планирования будущих беременностей и оценки рисков для других детей в семье.

Снижение затрат на диагностику

Хотя первоначальные затраты на геномное тестирование трио кажутся выше, в долгосрочной перспективе это может снизить общие затраты на диагностику, так как позволяет избежать множества ненужных дополнительных исследований, проводимых с целью уточнения клинической значимости выявленных вариантов.

Источники

100,000 Genomes Project Pilot Investigators, Smedley D, Smith KR, et al. 100,000 Genomes Pilot on Rare-Disease Diagnosis in Health Care — Preliminary Report. N Engl J Med. 2021;385(20):1868-1880. doi:10.1056/NEJMoa2035790
Wright CF, Campbell P, Eberhardt RY, et al. Genomic Diagnosis of Rare Pediatric Disease in the United Kingdom and Ireland. N Engl J Med. 2023;388(17):1559-1571. doi:10.1056/NEJMoa2209046